Il Consiglio di Amministrazione è formato da 5 membri, nominati dalla Giunta Provinciale di Bolzano, su designazione motivata del Comune di Merano. La durata in carica del C.d.A. è di 5 anni. A capo del C.d.A. vi è il/la presidente, nominato/a all'interno del C.d.A. stesso. Il C.d.A. è organo di direzione della politica aziendale. Definisce gli indirizzi, gli obiettivi ed i programmi da attuare. Oltre a nominare il/la presidente, il C.d.A. promuove ove occorra le modifiche dello statuto dell'Azienda, approva i budget annuali ed i bilanci d'esercizio, individua le risorse umane, materiali ed economico-finanziarie, necessarie al raggiungimento delle finalità  perseguite e determinazione delle tariffe per i servizi svolti e verifica inoltre la gestione dell'Azienda.

Il C.d.A. attuale è composto da:

• Roberto Zani (Presidente)
• Beatrix Burger (Vice presidente)
• Josef Reiterer
• Armin Peter Wenter
• Elisabetta Aloi

In base allo statuto, il Presidente è il rappresentante della APSP Fondazione San Nicolò. Provvede all'esecuzione delle deliberazioni adottate dal Consiglio di Amministrazione, convoca le adunanze del C.d.A. e presiede le stesse. Il Presidente dà impulsi e promuove le strategie aziendali. Cura i rapporti istituzionali con gli altri soggetti del sistema integrato di interventi e servizi sociali e sociosanitari, con l'utenza e le relative rappresentanze e con le comunità locali. Svolge tutti i compiti  assegnatigli dal C.d.A.

La Direttrice è la figura dirigenziale apicale ed ha la responsabilità gestionale e amministrativa dell’Azienda e persegue il raggiungimento degli obiettivi definiti dal Consiglio di Amministrazione, avvalendosi delle risorse umane, economiche, finanziarie e strumentali assegnate. Ella è responsabile della correttezza amministrativa nonché dell’efficienza ed efficacia di gestione in relazione alle risorse assegnate ed alle attribuzioni conferite.

Il revisore dei conti viene nominato dal Consiglio di Amministrazione. Rimane in carica per tre anni. Tra i suoi compiti vi sono la verifica del conto consuntivo ai sensi delle disposizioni vigenti e il controllo della regolarità di contabilità e finanza amministrativa.